From hypothesis to experiment
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概念层与中间层之后，物理层负责把已确定的 assay 转换成可执行的 procedure、transport 与 resources。本文系统梳理 Procedure、Transport、Transferable Resource、按 I/O 签名分类的 Device 及 Operator 等 Resource 的定义、关系与输出结构。
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在概念层的 hypothesis 与 claims 之后，中间层负责把 claim 拆解为可实验判定的 sub-claims，并为每个 sub-claim 匹配能够产生证据的 assay。本文系统梳理中间层的设计原则、对象定义与输出结构。
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随着越来越多的蛋白质被计算方法自动标注，社区仍存在明显 gap：功能假设生成很快，验证很慢。本文从概念层的 hypothesis 与 claims 开始，梳理从假设到实验验证的分层框架。
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在概念层的 hypothesis 与 claims 之后，中间层负责把 claim 拆解为可实验判定的 sub-claims，并为每个 sub-claim 匹配能够产生证据的 assay。本文系统梳理中间层的设计原则、对象定义与输出结构。
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随着越来越多的蛋白质被计算方法自动标注，社区仍存在明显 gap：功能假设生成很快，验证很慢。本文从概念层的 hypothesis 与 claims 开始，梳理从假设到实验验证的分层框架。
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